¿Hay alguna manera de evitar falsos negativos de un proceso que funciona de manera variable?

Tengo un proceso diario que registra la finalización y una advertencia de LogDNA si falta. Sin embargo, se ejecuta durante diferentes cantidades de tiempo (variando por segundos), por lo que obtengo un falso negativo de que no se ejecutó en los días en que tarda más. ¿Hay alguna manera de evitar eso?