¿Puede ser hackeada la aplicación Microsoft Authenticator?

No creo, hasta que tengas acceso al teléfono físico y tengas las credenciales para desbloquear el teléfono.

Microsoft Authenticator es principalmente la segunda parte en la autenticación de dos factores y luego también el código se actualiza cada 30 segundos o se envía una notificación con un tiempo de expiración limitado. Lo más probable es que no pueda ser hackeado a menos que tu teléfono esté comprometido y la contraseña también sea hackeada, lo que significa que el hacker tiene acceso tanto a la contraseña como al autenticador.