¿Podemos guardar nuestro progreso si no guardamos un proyecto?

Sí, puedes guardar todo tu entorno o objetos específicos como archivos .RDS. Los archivos RDS contienen uno o más objetos R. Esto es muy útil si solo deseas guardar resultados intermedios. Yo lo uso para almacenar grandes tablas que, si se leyeran directamente desde un formato csv, tardarían más en cargarse. Otro uso para mí es almacenar modelos de predicción que tardan horas en entrenarse.

Hay muchas maneras de guardar resultados mientras se ejecuta un script de R, un ejemplo es la función saveRDS de R. Para preguntas como esta sobre R, un gran lugar para visitar es community.rstudio.com.